THESES | MoBioChem

Bachelor Theses

9. Miguel Ángel Bayo Valero.

Influencia de las Mutaciones de la Enzima Luciferasa en la Bioluminiscencia de la Oxiluciferina.

Supervisores: Henar Mateo de la Fuente y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

8. Francisco Javier Patiño López.

Simulación Computacional del Proceso de Conducción Iónica a través de Canales Iónicos Eucariotas.

Supervisores: Nuria Anguita Ortiz y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

7. Diego Llorena Prieto.

Simulación Teórica de la Reactividad de Fármacos de Platino con ADN.

Supervisores: Lorena Ruano y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

6. Iván Heredero Sosa. Energía Nuclear y Transición a la Independencia Energética en España con Cero Emisiones.

Supervisor: Juan J. Nogueira. Grado en Ciencias Ambientales, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

5. Mario Rodríguez Sánchez.

Diseño Computacional de Derivados de Luciferina con Propiedades Fotofísicas Mejoradas.

Supervisores: Lara Martínez-Fernández y Juan J. Nogueira. Grado en Ciencias Ambientales, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022.

4. Julia Arnanz Sebastián.

Simulación Computacional de la Fotofísica de Analgésicos Activados por Luz.

Supervisores: Inés Corral Pérez y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021.

3. Sandra Samper Martínez.

Simulación del Proceso de Integración de Compuestos Anticancerígenos de Platino en Membranas Celulares.

Supervisores: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021.

2. Henar Mateo de la Fuente.

Estudio Computacional de la Fotofísica de Emisión del Anión de la Oxiluciferina y de sus Análogos.

Supervisores: Inés Corral Pérez y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020.

1. Lorena Ruano de Domingo.

Simulación del Proceso de Absorción de Cisplatino en una Bicapa Lipídica DOPC mediante Dinámica Molecular Clásica.

Supervisores: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. Grado en Química, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020.

Master Theses

12. Lucia López Pacios.

Theoretical Design of Anesthetic Drugs Target to Ion Channels.

Supervisors: Lara Martínez Fernández and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

Master Theses

11. Julia Arnanz Sebastián.

Photoprotection Mechanism and Photosensitivity of the UVB Filter PABA: A Computational Study.

Supervisors: Inés Corral and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2022-2023.

10. Atena Salek.

Computational Modelling of Ion Conduction through ORF3a Channel.

Supervisors: Noelia Faginas Lago, Andrea Lombardi and Juan J. Nogueira. TCCM, Università degli Studi di Perugia, 2022-2023.

9. Lorena Ruano de Domingo.

Energy Decomposition Analysis of Drug/Protein Interactions.

Supervisors: Marcos Mandado and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022.

8. Henar Mateo de la Fuente.

Computational Characterization of the Photophysics of Oxyluciferin within the Luciferase Environment

Supervisors: Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2021-2022.

7. Alvaro Pérez Barcia.

Solute-Solvent Interactions in Water: a QM/MM Energy Decomposition Analysis Approach.

Supervisors: Marcos Mandado Alonso and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidade de Vigo, 2020-2021.

6. Péter Bernát Szabó.

Cosolvent and Dynamic Effects in Binding Pocket Search by Docking Simulations.

Supervisors: Jeremy Harvey and Juan J. Nogueira. TCCM, KU Leuven, 2020-2021.

5. Cristina Gil Herrero.

Computation of the Free-Energy Profile along the Transport of Carboplatin across a Dioleoylphosphocholine Membrane.

Supervisors: Gustavo Cárdenas and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021.

4. Jesús Lucia Tamudo.

Modelling Redox Properties of Guanine-Based Biosensors using Cluster Models and Self-Assembled Monolayers.

Supervisors: Sergio Díaz-Tendero Victoria and Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2020-2021.

3. Carlos Gómez Rodellar.

Modelling the Binding of Azobenzene to the Human Voltage-Gated Sodium Channel Nav 1.4.

Supervisors: Gustavo Cárdenas y Juan J. Nogueira. TCCM, Universidad Autónoma de Madrid, 2019-2020.

2. Vito F. Palmisano.

Computational Study of the Interaction of a Molecular Photoswitch with the Human Nav 1.4 Ion Channel.

Supervisors: Shirin Faraji, Gustavo Cárdenas and Juan J. Nogueira. TCCM, University of Groningen, 2019-2020.

1. Hannah Pollak.

Force Field Assessment and Molecular Dynamics of Na+/K+ Conduction Through a Human Voltage-Gated Sodium Channel.

Supervisors: Noelia Faginas Lago, Andrea Lombardi and Juan J. Nogueira. TCCM, Università degli Studi di Perugia, 2019-2020.

PhD Theses

3. Jesús Lucia-Tamudo.

Computational Modelling of Redox Properties of Nucleic Acids in Different Environments.

Supervisors: Juan J. Nogueira and Sergio Díaz-Tendero. Universidad Autónoma de Madrid, October 2023.

2. Gustavo Cárdenas.

Modeling the Interactions of Anticancer Compounds with DNA and Lipid Membranes.

Supervisors: Juan J. Nogueira. Universidad Autónoma de Madrid, July 2022.

1. Juan J. Nogueira.

Classical Trajectory Simulations of Collisions between Polyatomic Molecules and a Self-Assembled Monolayer Surface.

Supervisors: Emilio Martínez-Núñez, and Saulo A. Vázquez. Universidade de Santiago de Compostela, October 2011.